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突破单细胞测序数据剖析瓶颈,大内存 云盘算手
克日,大内存软件的先行者MemVerge公司携手云盘算公司阿里云与寻因生物科技有限公司乐成杀青互助。该互助中,寻因生物将搭载英特尔® 傲腾™持久内存的阿里云i4p持久内存型实例与MemVerge所开发的大内存虚拟化软件,应用在单细胞测序与生信剖析等研究环节,大幅提升单细胞测序剖析效率,助力临床诊断和药物研发。
寻因生物是一家专注于单细胞手艺的精准医疗生物科技企业,致力于通过国产高通量单细胞全链条产物及服务,将单细胞手艺普适化,应用于临床及药物研发,推动相关疾病研究。作为海内独家拥有微孔芯片与油包水双手艺平台的寻因生物来说,单细胞样本制备、单细胞星散和文库制备是其强项。同时,寻因生物也具有完整的数据剖析息争读能力。这也意味着,寻因生物需要一个壮大的IT底层架构为其营业与研究做有用的支持。
在单细胞测序数据剖析环节,业界当前普遍存在数据量大、剖析时间长的挑战。仅一个单细胞测序文件的巨细可达100GB以上,而随着一个单细胞项目包罗的样本量越来越多,可能发生数百GB甚至TB级的细胞数据,而通用的云主机的内存容量与CPU配比有限,单细胞的剖析义务常会泛原由内存不足而导致运行失败;若选用传统的大内存云主机,不仅要支出加倍高昂的成本,而且会造成CPU算力的虚耗。同时,单细胞数据的剖析庞大,需要频频做数据读取和参数调整,通用的云主机仅能支持运行一个单细胞剖析义务,在测序义务多的情形下,寻因生物只能将多义务排队执行;每次剖析所发生的暂且数据在磁盘上的导出和加载(IO)历程长达1000秒以上,以是每次处置海量细胞样本的剖析义务通常需要数小时甚至数天才气完成。因此,超大数据量和剖析庞大性所导致的义务并发度低和数据加载速率慢是未来单细胞剖析性能的主要瓶颈之一。
面向这种应用场景,阿里云的i4p持久内存型实例与MemVerge公司开发的Memory Machine大内存软件为寻因生物乐成解决了这一难题,在保证营业稳固性的同时,大幅提升了多义务大样本的测序数据剖析效率,同时实现成本最优化。 阿里云i4p持久内存实例是阿里云基于英特尔® 傲腾™ 持久内存推出的第二代持久内存实例,让高性价比的大容量内存与对数据持久性的支持巧妙地连系在一起,将更多数据保留在更靠近CPU的地方,加速了大内存盘算,重新界说了传统的两级存储架构;同时应用与阿里云已深度集成的MemVerge公司所开发的Memory Machine大内存软件,不只将其中的持久内存和通俗内存举行融合,可以透明地使用大内存资源,无需对应用举行刷新,即可充实行展持久内存的所有性能,并发稳固运行多项测序剖析义务,打破“内存墙”藩篱;同时通过Memory Machine的“ZeroIO内存快照”功效,可以完全阻止暂且数据的磁盘IO历程,使数据导出和加载从原来的1000秒降至2.5秒,将数据读取的效率提升了两个数目级。寻因生物在阿里云的i4p实例的应用中,不仅获得了性能的飞跃,大幅提升了营业效率,同时有用降低整体IT基础设施拥有成本(TCO)。
寻因生物公司生物部IT认真人张广鑫示意:“这能够使我们的单细胞数据剖析营业完全消除IO瓶颈,并在现实的剖析义务中将持久内存的大容量能力充实行使起来,让义务的并发能力提升了5倍以上,且该方案能让多细胞数,大样本义务能顺遂地运行乐成,对提高我们生信用户的营业吞吐能力和事情效率有异常大的助力。”。
阿里云弹性盘算产物总监王志坤示意:“持久内存手艺填补了传统易失性与非易失性存储之间性能与成本的伟大鸿沟,阿里云将持久内存这种推翻性的存储架构特征带到了云上。此次,阿里云与Memverge的互助,接纳持久内存实例i4p辅助寻因生物的营业性能提升了近5倍,再次印证了持久内存手艺对生物信息行业的伟大价值。未来,我们期待与Memverge继续深入互助,为客户缔造更大价值。”
英特尔傲腾销售事业部总司理Lina Stukov示意: “我们很喜悦与 MemVerge和阿里云互助,通过英特尔傲腾引领大内存革命,并能够解决真正的客户痛点。我们对能够加速单细胞剖析并辅助用户更快的在这一要害领域取得提高感应自豪。”
MemVerge首席运营官Jonathan Jiang示意:“MemVerge的Memory Machine软件连系阿里云的盘算实例能为寻因生物提供领先市场的单细胞测序运算平台,我们感应异常幸运。Memory Machine大内存软件消除了客户在研究历程中遇到的性能瓶颈,辅助客户能够更高效地举行主要的生命科学研究。未来,MemVerge将和阿里云一起为生命科学的研究提供更壮大的手艺支持,为人类缔造加倍康健的明天。”
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